Charakterystyczna budowa anatomiczna basseta, czyli wydłużony tułów osadzony na krótkich kończynach, czyni go szczególnie podatnym na przeciążenia aparatu ruchu. Jednym z najpoważniejszych zagrożeń jest choroba krążka międzykręgowego, powszechnie znana jako dyskopatia. Dochodzi w niej do uwypuklenia lub pęknięcia dysku, co wywołuje ucisk na rdzeń kręgowy. W zależności od stopnia kompresji oraz lokalizacji uszkodzenia, pies może odczuwać silny ból, mieć trudności z poruszaniem się, a w skrajnych przypadkach doznać paraliżu kończyn. Rasa ta zmaga się również z dysplazją stawów biodrowych oraz łokciowych. Nieprawidłowe ukształtowanie powierzchni stawowych prowadzi do tarcia, bolesności, problemów ze wstawaniem oraz przedwczesnych zmian zwyrodnieniowych. Choć wady te mają silne podłoże genetyczne, tempo ich rozwoju w dużej mierze zależy od czynników środowiskowych, w tym zbilansowanej diety i unikania przeciążeń w okresie wzrostu szczenięcia. Rzadszym, ale groźnym zaburzeniem neurologicznym o prawdopodobnym tle dziedzicznym jest zespół Wobblera. Schorzenie to obejmuje przewlekłe zmiany zwyrodnieniowe w odcinku szyjnym kręgosłupa, powodujące ucisk na rdzeń kręgowy. Typowym objawem klinicznym jest chwiejny, niepewny chód psa, który bez wdrożenia odpowiedniego leczenia może prowadzić do postępującej niewydolności nerwowej.